Mit Sicherheit und Kontrollen auf Schiffen wurde bisher ähnlich verfahren wie bei Zügen: Wer ein Ticket hat, darf mitfahren, Personenkontrollen waren eher unüblich. Seit dem 1. Juli 2004 jedoch ist ein internationales Protokoll für die Sicherheit auf Schiffen und in Häfen in Kraft getreten, das den Fährpassagieren das Leben nicht leichter macht: Ohne Ausweispapiere darf kein Schiff mehr betreten werden, nach dem Check-In darf das Schiff nicht mehr verlassen werden, ältere Passagiere dürfen nicht mehr von ihren Angehörigen aufs Schiff begleitet werden. Besonders kontrolliert werden in den Sommermonaten die Häfen Olbia und Golfo Aranci. Wer etwas zu verstecken hatte, war auf den Sardinien-Fähren schon in den vergangenen Jahren nicht sicher: Routinekontrollen haben zuweilen Urlauber bei der Ausfuhr von unerlaubten Mitbringseln erwischt.